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Deus Ex: Human Revolution é um jogo ambientado num cenário distópico futurista.

Você é Adam Jensen, um membro da segurança da empresa de melhorias humanas, Sarif Industries.

A nanotecnologia ainda está sendo desenvolvida (para, anos depois, ser a tecnologia suprema no primeiro Deus Ex), e membros biomecânicos estão sendo cada vez mais implementados.

Depois de um ataque, Jensen é dado como morto. Durante seis meses, ele é submetido, contra sua vontade, à diversas dessas melhorias, já que foi gravemente ferido. Agora, ele acorda, e se encontra no meio de uma perigosa conspiração.

Como no Deus Ex original, o jogador poderá evoluir o personagem como quiser, se concentrando em habilidades e perícias como invasão de eletrônicos, diplomacia através de diálogos, e melhorias nos seus implantes biocibernéticos, que aumentam sua capacidade de combate, ou sua habilidade furtiva.